Στα 17 του χρόνια, ο MacGowan νοσηλεύτηκε για να απαλλαγεί από τον εθισμό του στα Βάλιουμ. Η εμπειρία αυτή άφησε ανεξίτηλο σημάδι, και μετά από αυτό, έπιανε διάφορες δουλειές σε όλο το Λονδίνο, συχνάζοντας στην περιοχή του Soho. Μέχρι το 1976, είχε αποκτήσει καλή σχέση με την ανερχόμενη πανκ σκηνή και ήταν ένα εξέχον πρόσωπο στα live δρώμενα. Φωτογραφήθηκε καλυμμένος με αίμα σε μια συναυλία των The Clash στο Λονδίνο, η οποία έγινε πασίγνωστη λόγω του τίτλου “Κανιβαλισμός σε συναυλία των Clash“.
Η μουσική των Pogues συνδυάζει το πανκ με την παραδοσιακή ιρλανδική μουσική και έγινε δημοφιλής κατά τη δεκαετία του 1980 και του 1990. Μετά τους Pogues δημιούργησε μια νέα μπάντα, τους Shane MacGowan and The Popes, ηχογραφώντας δύο στούντιο άλμπουμ.
Το 2006, ψηφίστηκε 50ος στη λίστα με τους “Ήρωες της Ροκ” του NME. Έχει εμφανιστεί πολλές φορές μαζί με τους Libertines και τον τραγουδιστή των Babyshambles, Pete Doherty. Υπήρξε φίλος με τον Johnny Depp, ο οποίος πρωταγωνίστησε στο βίντεο κλιπ για το “That Woman’s Got Me Drinking” και τον Joe Strummer, ο οποίος αναφέρθηκε στον MacGowan ως “ένας από τους καλύτερους συγγραφείς του αιώνα” σε μια συνέντευξη που περιλαμβάνεται στην έκδοση του βιντεογραφήματος “Live at the Town And Country Club” από το 1988. Ο Strummer κατά καιρούς συνόδευε τον MacGowan και τους The Pogues στη σκηνή (και αντικατέστησε για λίγο τον MacGowan ως τραγουδιστή μετά την εκδίωξή του από το συγκρότημα). Συνεργάστηκε επίσης με τον Nick Cave.
