Σπάνια ευρήματα από ολόκληρο το νησί έχουν πάρει τη θέση που τους αρμόζει στο μουσείο, όπως ένας από τους λέοντες της Δήλου ατενίζοντας την ιερή λίμνη της νησιού σε φωτογραφία προ της αποξήρανσής της. Εκεί μπορεί κανείς να θαυμάσει γλυπτά και ανάγλυφα που χρονολογούνται από την Αρχαϊκή εποχή έως και τους ρωμαϊκούς χρόνους (από τον 7ο ως τον 1ο π.Χ. αιώνα), επίσης ειδώλια αλλά και ψηφιδωτά, κοσμήματα, μικροαντικείμενα και οικοσκευή του 2ου – 1ου π.Χ. αιώνα, που έχουν προέλθει από τις ιδιωτικές οικίες της Δήλου.
Στους χώρους του μουσείου εντοπίζεται η ιερότητα αυτού του τόπου, στον συγκερασμό του θείου με το ανθρώπινο, όπως τον βλέπουμε στο κάλλος των γλυπτών, τη σπάνια τέχνη των ψηφιδωτών, τη φωταύγεια των μαρμάρων. Σύμφωνα με τους αρχαίους, το νησί αυτό είναι η γενέτειρα του Απόλλωνα και της Άρτεμης, γι’ αυτό και θα δει κανείς ειδώλιά τους στους χώρους.
Πέρα από τους χώρους του μουσείου, έχουν πραγματοποιηθεί εργασίες αποκατάστασης κάποιων μνημείων του νησιού ενώ έχουν εγκριθεί οι μελέτες για την μερική αναστήλωση και συντήρηση του ναού του Απόλλωνα και της Παλαίστρας του Γρανίτη, αλλά και για την οικία του Διαδούμενου. Οι πληροφορίες αναφέρουν πως η αποκατάσταση θα έχει ολοκληρωθεί έως το 2027.