Τα Ανώγεια πρωτοκατοικήθηκαν πριν το 1182, οπότε μοιράστηκε η Κρήτη στα δώδεκα φεουδαρχικες οικογενειες του Βυζαντίου και παραχωρήθηκαν ως φέουδο στην οικογένεια των Φωκάδων- αργότερα Καλλέργηδων. Τότε απέκτησαν και την ονομασία “Βασιλικά Ανώγεια”, καθώς ανήκαν στους βασιλικούς άρχοντες. Έτσι, διαφαίνεται ότι τα Ανώγεια, υπήρχαν και κατά την Β’ βυζαντινή περίοδο, πριν τη Βενετοκρατία.
Κατά τη Βενετοκρατία, τα Ανώγεια δεν αναφέρονται ως κέντρο Επαναστατών, όπως άλλα μέρη της Κρήτης. Το 1648, κυριεύτηκαν από τους Τούρκους αλλά στους κάτοικούς του παραχωρήθηκαν ειδικά προνόμια. Κατά την Τουρκοκρατία, τα Ανώγεια ήσαν βακουφικό (μοναστηριακό) χωριό, αφιερωμένο στα τζαμιά της Βαλιδέ Σουλτάνας και παράλληλα αποτέλεσε μείζον επαναστατικό κέντρο.
Το Μάιο του 1822, στη θέση Σκλαβόκαμπος Μαλεβιζίου, οι Ανωγειανοί νίκησαν τους Τούρκους, με αρχηγό τους το Βασίλη Σμπώκο. Το γεγονός όμως αυτό, στάθηκε αφορμή και στις 14 Ιουλίου του 1822, ο Σερίφ Πασάς που βρήκε το χωριό ερημωμένο, με τους κατοίκους του να πολεμούν στη Μεσσαρά, το υπέβαλε σε λεηλασία και πυρπόληση.
Λίγο πριν από την επανάσταση του 1866, τελέστηκε στα Ανώγεια η συνέλευση για την εκλογή αντιπροσώπων των οπλαρχηγών της Ανατολικής Κρήτης. Το ίδιο έτος, τρεις Ανωγειανοί άνηκαν στους πεσόντες του ολοκαυτώματος του Αρκαδίου, με το οποίο ηρωικά αποκρούστηκε η απόπειρα κατάληψής του από τον Σερίζ πασά. Σήμερα οι κάτοικοι των Ανωγείων, θεωρούν ως πυρπολητή της Μονής Αρκαδίου, τον Εμμανουήλ Σκουλά και όχι τον Κωνσταντίνο Γιαμπουδάκη, στον οποίο έχει ευρέως έκτοτε αποδοθεί η πράξη.[εκκρεμεί παραπομπή]
Το 1867 ο Ομέρ πασάς κατέλαβε τ’ Ανώγεια και το Νοέμβριο του ίδιου έτους ο Ρεσίζ πασάς προέβη στην πυρπόλησή τους, δεύτερη φορά στην ιστορία του χωριού και 45 μόλις χρόνια μετά από την πρώτη. Οι κάτοικοι των Ανωγείων έλαβαν μέρος στην επανάσταση του 1897 καθώς και στους υπόλοιπους απελευθερωτικούς αγώνες. Η μεγάλη όμως και παγκοσμίου σημασίας δράση των κατοίκων συνέβη κατά τη Μάχη της Κρήτης και την Εθνική Αντίσταση.
Το 1941 ιδρύθηκε στα Ανώγεια, η Επιτροπή Απελευθερωτικής Δράσης. Τα Ανώγεια ήταν ο πυρήνας της Αντίστασης στην Κρήτη και κατά την απαγωγή του στρατηγού Κράιπε στα Ανώγεια ανέλαβαν να τον φυγαδεύσουν στην Αφρική. Γεγονός το οποίο στάθηκε δυσμενής αφορμή και στις 13 Αυγούστου 1944, ο διοικητής του φρουρίου Κρήτης, Χ. Μίλλερ διέταξε την ισοπέδωση των Ανωγείων και την εκτέλεση κάθε άρρενος Ανωγειανού που θα βρεθεί σε απόσταση 1 χλμ. Έτσι, στις 13 Αυγούστου του 1944, τρία τάγματα Γερμανών περικύκλωσαν τα Ανώγεια και έβαλαν φρουρές στα γύρω υψώματα. Συνέλαβαν 80 υπερήλικες και τους έστειλαν στο Ηράκλειο, ενώ εκτέλεσαν 9 άνδρες. Ανατίναξαν τα σπίτια με δυναμίτη, άναψαν φωτιά και 800 περίπου σπίτια μετατράπηκαν σε χαλάσματα, ενώ κάηκαν και 6 γυναίκες. Οι εναπομείναντες άνδρες διέφυγαν στον Ψηλορείτη για να σωθούν.
Διπλό φονικό στ' Ανώγεια: Ο θάνατος του Λευτέρη Καλομοίρη και του Γιώργου Ξυλούρη είχε συγκλονίσει το πανελλήνιο, ενώ απαντήθηκε ένα από τα βασικά ερωτήματα από τη βαλλιστική εξέταση.
Πρέβεζα: Μπορεί να ζούμε στο 2020 αλλά το χωριό Ανώγειο στην Κέρκυρα απέκτησε για πρώτη φορά σύνδεση με το δίκτυο υδροδότησης, και έτσι οι λιγοστοί κάτοικοί του ζουν πλέον σε μία άλλη πραγματικότητα.
Λευτέρης Καλομοίρης τάφος: Σε μια απαράδεκτη πράξη προχώρησαν άγνωστοι στα Ανώγεια αφού βεβήλωσαν τον τάφο του Λευτέρη Καλομοίρη.
Μυλοπόταμος πυροβολισμοί: Νέο ένοπλο επεισόδιο σημειώθηκε σήμερα στην περιοχή του Μυλοποτάμου στο Ρέθυμνο.
Πυροβολισμοί στα Ζωνιανά: Οι αστυνομικές αρχές από την πρώτη στιγμή ξεκίνησαν τις έρευνες κάνοντας αυτοψία στις περιοχές όπου σημειώθηκαν οι δύο επεισοδιακές σκηνές ενώ πήραν και καταθέσεις τόσο από τους τραυματίες.
Μυλοπόταμος τραυματισμός: Ο 55χρονος άντρας από τα Ζωνιανά, βρέθηκε αιμόφυρτος σε ορεινή περιοχή του Μυλοποτάμου και μεταφέρθηκε αρχικά στο Κέντρο Υγείας Ανωγείων.
Μια μαντινάδα αφιέρωσε στο νεκρό πατέρα της, η κόρη του 63χρονου μαντιναδόρου Λευτέρη Καλομοίρη, Αριστέα.
Διπλό φονικό Ανώγεια: Οι μαρτυρίες ανθρώπων του χωριού αλλά και συγγενών των εμπλεκόμενων οικογενειών φανερώνουν πως ουδείς πλέον επιθυμεί την διαιώνιση της βεντέτας, η οποία το μόνο που προκαλεί είναι βαρύ πένθος στη περιοχή.
Ανώγεια διπλό φονικό: Μοναδικό σθένος έδειξε σε δηλώσεις του ο αδερφός του Γιώργη Ξυλούρη, ενός από τους δύο νεκρούς στα Ανώγεια. Τόνισε ότι και οι δύο οικογένειες πονούν το ίδιο και ζητά ο αδερφός του να είναι το τελευταίο θύμα.
