Ο Οργανισμός συστάθηκε με τον νόμο 3918/2011 και ξεκίνησε τη λειτουργία του την 1η Ιανουαρίου 2012, αρχικά υπό την εποπτεία των Υπουργείων Εργασίας & Κοινωνικών Ασφαλίσεων και Υγείας & Κοινωνικής Αλληλεγγύης με σκοπό την παροχή υπηρεσιών υγείας από έναν ενιαίο εθνικό φορέα. Στη συνέχεια, τέθηκε αποκλειστικά υπό την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας.
Σημερινός πρόεδρος του ΕΟΠΥΥ είναι ο Καθ. Βασίλειος Πλαγιανάκος, στη θέση του αντιπροέδρου, βρίσκεται ο Παναγιώτης Γεωργακόπουλος. Πρόεδρος του ΕΟΠΥΥ για την περίοδο Δεκέμβριος 2015 – Ιανουάριος 2019 διατέλεσε ο καθ. Σωτήριος Μπερσίμης, Επίκουρος Καθηγητής στο Τμήμα Στατιστικής και Ασφαλιστικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Πειραιώς. Σημαντική αναγνώριση των καινοτομιών που εφαρμόστηκαν στον Οργανισμό, για τον εξορθολογισμό και τον έλεγχο των δαπανών και την βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών Υγείας, αποτέλεσαν και δύο σημαντικές διεθνής διακρίσεις που έλαβε ο καθ. Σ. Μπερσίμης στη διάρκεια της θητείας του. Στις 15 Ιουνίου του 2018, έλαβε το βραβείο «Best Manager Award» για το 2018 από το European Network for Business and Industry Statistics (ENBIS).
Πρόκειται για σημαντική διάκριση καθώς για πρώτη φορά το βραβείο απονέμεται σε Έλληνα και πρώτη φορά σε manager δημόσιου οργανισμού. Παράλληλα, είχε εκλεγεί Πρόεδρος του European Healthcare Fraud & Corruption Network (EHFCN), το οποίο αποτελεί έναν μη κερδοσκοπικό Οργανισμό, που ιδρύθηκε το 2005, εδρεύει στης Βρυξέλλες και έχει ως αποστολή την καταπολέμηση της διαφθοράς, της κατασπατάλησης δημόσιου χρήματος και της απάτης στην Υγείας, διασφαλίζοντας τη συνολική βελτίωση των αντίστοιχων Εθνικών Συστημάτων, προς όφελος κάθε ασθενούς. Ιστορικά, πρώτος πρόεδρος του οργανισμού υπήρξε ο παθολόγος Γεράσιμος Βουδούρης, τέως Διοικητής του ΤΣΑΥ, που αντικαταστάθηκε τον Νοέμβριο 2012 από τον -πρώην Διοικητή του ΟΓΑ- Ελευθέριο Παπαγεωργόπουλο. Στις 26-06-2013 ο κ. Παπαγεωργόπουλος υπέβαλε την παραίτησή του και στη θέση του ανέλαβε ο Δημήτρης Κοντός, έως τότε Διοικητής του ΟΓΑ.
Βασίλης Κικίλιας: Ο υπουργός Υγείας αναφέρθηκε στην εφαρμογή του αντικαπνιστικού νόμου και τόνισε πως σύντομα θα σταματήσουν οι παραινέσεις και θα ξεκινήσει η επιβολή προστίμων.
Υπουργείο Υγείας: Τις προσλήψεις 800 νέων γιατρών ανακοίνωσε ο ο υπουργός Υγείας, Βασίλης Κικίλιας.
8χρονη Αλεξία: Η περιπέτεια για εκείνη και την οικογένεια της συνεχίζεται, καθώς μετά από μήνες στο Νοσοκομείο Παίδων ετοιμάζεται για το ταξίδι στην Γερμανία πηγαίνοντας σε κλινική αποκατάστασης στο Αμβούργο.
Αντικαπνιστικό νομοσχέδιο: Στο νομοσχέδιο περιλαμβάνονται μέτρα για τον έλεγχο του καπνίσματος, την άμεση αντιμετώπιση των μεγάλων προβλημάτων προ νοσοκομειακής φροντίδας (ΕΚΑΒ-ΕΚΕΠΥ) και τις αναπτυξιακές επενδύσεις ως κίνητρο για τη μείωση του clawback.
ΠΟΕΔΗΝ: Η Ομοσπονδία, με ανακοίνωσή της, ανέδειξε ένα μείζον θέμα.
Υπουργείο Υγείας: Σε δημόσια διαβούλευση δόθηκε σήμερα το νομοσχέδιο σκούπα με μέτρα που στοχεύουν στη βελτίωση της παρεχόμενης προνοσοκομειακής και νοσοκομειακής φροντίδας.
ΕΣΥ: Έμφαση αναμένεται να δοθεί στις ελλείψεις σε παιδιάτρους, καρδιολόγους, μαιευτήρες που υπάρχουν σε πολλές περιοχές.
Βασίλης Κικίλιας: Ο υπουργός υγείας μίλησε στην τηλεόραση του ΣΚΑΙ και δεσμεύτηκε για τις προσλήψεις στα νοσοκομεία.
Βασίλης Κικίλιας: Ο υπουργός Υγείας ανέφερε ότι σε λιγότερο από δύο μήνες έχει γίνει ένα πολύ μεγάλο βήμα για την εξάλειψη της ταλαιπωρίας των ογκολογικών ασθενών
