Αρχικά η Υπηρεσία αυτή φέρεται να ιδρύθηκε το 1953 με την ονομασία Κεντρική Υπηρεσία Πληροφοριών Ελλάδος (ΚΥΠΕ), πιθανώς κατά το πρότυπο της CIA. Λίγο αργότερα ο τίτλος περιορίστηκε στο ΚΥΠ. Πρώτος διοικητής της τότε ΚΥΠΕ ανέλαβε ο Συνταγματάρχης Πυροβολικού (αργότερα Αντιστράτηγος) Αλέξανδρος Νάτσινας. Καθ’όλη τη διάρκεια των κυβερνήσεων Παπάγου και Καραμανλή, η ελληνική ΚΥΠ ήταν υπό τον απόλυτο έλεγχο της αμερικανικής CIA: τόσο μεγάλος ήταν ο βαθμός υποτέλειας, ώστε οι μισθοί των πρακτόρων πληρώνονταν απευθείας από τους Αμερικανούς, χωρίς καμία ανάμειξη του ελληνικού κράτους, έως ότου αυτή την πρακτική σταμάτησε ο Γεώργιος Παπανδρέου το 1964.
Οι ηγέτες της Χούντας των Συνταγματαρχών αναδείχθηκαν μέσω της ΚΥΠ. Ο Συνταγματάρχης Πυροβολικού Γεώργιος Παπαδόπουλος υπηρέτησε εκεί για πέντε χρόνια (1959-1964), αναμείχθηκε στην προετοιμασία του σχεδίου ΠΕΡΙΚΛΗΣ και διατέλεσε προσωπικός γραμματέας του Νάτσινα, επικεφαλής του Β’ Κλάδου, που είχε να κάνει με την εσωτερική ασφάλεια της χώρας και σύνδεσμος ΚΥΠ-CIA. Ο επίσης Συνταγματάρχης Πυροβολικού Νικόλαος Μακαρέζος διορίστηκε το 1966 επί κυβερνήσεων των αποστατών, επικεφαλής του επίλεκτου Α’ Κλάδου της ΚΥΠ, που ήταν υπεύθυνος για τους Έλληνες κατασκόπους σε ξένες χώρες.
Επί Χούντας Παπαδόπουλου, την ΚΥΠ διοίκησαν διαδοχικά ο Ταξίαρχος Πυροβολικού Αλέξανδρος Χατζηπέτρος, γόνος αρχοντικής στρατιωτικής οικογένειας, της οποίας γενάρχης ήταν ο Χριστόδουλος Χατζηπέτρος, και ο Αντισυνταγματάρχης Πυροβολικού (αργότερα Υποστράτηγος) Μιχάλης Ρουφογάλης. Ο Ρουφογάλης ήταν γνωστός περισσότερο για την κοσμική ζωή του και την αδυναμία του στο ωραίο φύλο και λιγότερο για τις κατασκοπευτικές του ικανότητες.
Έτσι, το βάρος της καταστολής του αντιδικτατορικού κινήματος ανέλαβε η ΕΣΑ του Δημήτρη Ιωαννίδη, και όχι τόσο η ΚΥΠ. Μάλιστα, υπήρχε μεγάλη αντιζηλία μεταξύ της ΚΥΠ και της ΕΣΑ, γι`αυτό ο Ιωαννίδης αντικατέστησε το Ρουφογάλη το 1973 με τον Λάμπρο Σταθόπουλο. Όλα αυτά τα χρόνια, στην ιεραρχία της ΚΥΠ δέσποζαν οι αξιωματικοί του Πυροβολικού. Οι λόγοι ήταν κυρίως δύο: ο ιδρυτής Νάτσινας προερχόταν από αυτό, ενώ σε γενικές γραμμές οι αξιωματικοί του Πυροβολικού είχαν την καλύτερη εκπαίδευση στον Στρατό.
Ο επόμενος μεγάλος σταθμός στην ιστορία της Υπηρεσίας είναι το 1981 και η νίκη του ΠΑΣΟΚ. Ο Ανδρέας Παπανδρέου είναι αποφασισμένος να ελέγξει απόλυτα τις υπηρεσίες πληροφοριών και ασφάλειας. Στην ηγεσία της ΚΥΠ τοποθετείται ο απόστρατος Αντιστράτηγος Πεζικού Γεώργιος Πολίτης, στενός φίλος του Στρατηγού και Υπουργού του ΠΑΣΟΚ Αντώνη Δροσογιάννη. Υπαρχηγός αναλαμβάνει ο Ταξίαρχος Βασίλης Τσαγκρής, που στη διάρκεια της Χούντας είχε δραπετεύσει στην Ιταλία και είχε αναλάβει το παραστρατιωτικό τμήμα του ΠΑΚ.
Το 1986, με τον νόμο 1645, που δημοσιεύτηκε στις 26 Αυγούστου του 1986 στο τεύχος 132Α΄ ΦΕΚ, η υπηρεσία που έως τότε συνέχισε να ονομάζεται “Κεντρική Υπηρεσία Πληροφοριών” (Κ.Υ.Π.) μετονομάσθηκε σε “Ε.Υ.Π”. και αποτελεί αυτοτελή πολιτική δημόσια υπηρεσία με έργο τη συλλογή, επεξεργασία και διανομή πληροφοριών που αφορούν στην ασφάλεια της χώρας. Το καθεστώς λειτουργίας της Ε.Υ.Π. ρυθμίζεται από προεδρικά διατάγματα που εκδίδονται κατ’ εφαρμογή του παραπάνω ιδρυτικού της νόμου (Ν. 1645/86). Πρώτος Διοικητής της νέας ΕΥΠ διορίζεται με απόφαση του Ανδρέα Παπανδρέου ο Κώστας Τσίμας. Ο πολιτικός προϊστάμενος της Ε.Υ.Π. ήταν, ως ένα διάστημα, ο εκάστοτε υπουργός Προστασίας του Πολίτη.
Η ΕΥΠ έχει τον γενικό συντονισμό των υπηρεσιών ασφαλείας της χώρας, και σε αυτήν υπάγεται το Συμβούλιο Πληροφοριών. Στο Συμβούλιο μετέχουν:
- Ο Διοικητής της ΕΥΠ, ως Πρόεδρος
- Ο Διευθυντής της Διακλαδικής Διεύθυνσης Στρατιωτικών Πληροφοριών (ΔΔΣΠ) των Ενόπλων Δυνάμεων
- Ο Διευθυντής της Αντιτρομοκρατικής Υπηρεσίας (ΔΑΕΕΒ) της Ελληνικής Αστυνομίας
- Ο Διευθυντής της Διεύθυνσης Κρατικής Ασφάλειας (ΔΙΚΑ) του Αρχηγείου της Ελληνικής Αστυνομίας
- Οι Γενικοί Γραμματείς και Διευθυντές των αρμόδιων Υπουργείων