Τα αίτια του θανάτου του δεν είναι ξεκάθαρα. Μία κρανιοεγκεφαλική κάκωση, που εντοπίστηκε κατά την εξέταση της μούμιας με Ακτίνες Χ, μαρτυρά ότι ο θάνατός του ήταν βίαιος, αλλά κανείς δεν μπορεί να πει με βεβαιότητα αν επρόκειτο για δολοφονική επίθεση ή ατύχημα ή ακόμα και αρρώστια.Ο πατέρας του ήταν ο Ακενατόν και η μητέρα του ήταν μία δευτερεύουσα σύζυγος του Ακενατόν, πιθανόν ετεροθαλής αδελφή του.
Ήταν το μοναδικό αγόρι από τα επτά παιδιά του Ακενατόν, κάτι που τον καθιστούσε μοναδικό διάδοχο του θρόνου, όταν ο Ακενατόν πέθανε υπό αδιευκρίνιστες συνθήκες. Ωστόσο, ο θρόνος φαίνεται να μην πέρασε απευθείας στον ανήλικο Φαραώ, καθώς βγήκε στην επιφάνεια ένας αφανής Φαραώ, ο Σμενκαρέ. Πολλοί υποθέτουν πως ο Σμενκαρέ ήταν αδελφός η μεγαλύτερος υιός του Ακενατόν, αλλά διάσημη είναι και η άποψη ότι ήταν ένα άλλο όνομα για τη βασίλισσα Νεφερτίτη που ίσως να κυβέρνησε για λίγο τη χώρα μετά το θάνατο του συζύγου της. Όταν ο Τουταγχαμών στέφθηκε Φαραώ περίπου στην ηλικία των 8 με 9, παντρεύεται την ετεροθαλή αδελφή του, πριγκίπισσα Αγκεσεναμούν, κόρη της Νεφερτίτης.
Ο τάφος του ανακαλύφθηκε στις 4 Νοεμβρίου του 1922 από τον Βρετανό αρχαιολόγο Χάουαρντ Κάρτερ και η σαρκοφάγος ανοίχτηκε στις 16 Φεβρουαρίου του 1923.Ήταν ο μοναδικός ασύλητος βασιλικός τάφος στην κοιλάδα των βασιλέων, κάτι που πιθανόν αποδίδεται στο μικρό μέγεθος του τάφου, που αρχικά προοριζόταν για τον βεζίρη του. Επιπλέον, αυτό φανερώνει και την απουσία υστεροφημίας του Φαραώ, καθώς το όνομά του ήταν άγνωστο, ακόμα και 100 χρόνια μετά το θάνατό του κατά την 19η δυναστεία.
Η ανακάλυψη του τάφου έλαβε σημαντική κάλυψη και ανανέωσε το ενδιαφέρον για την Αρχαία Αίγυπτο και αποτέλεσε μείζον θέμα της επικαιρότητας του 1922, καθώς πολλές εφημερίδες ασχολήθηκαν με το θέμα της ανακάλυψης του τάφου. Κάτι τέτοιο όμως λειτούργησε και αρνητικά, αφού ενισχύθηκε η φήμη της λεγόμενης “κατάρας του Τουταγχαμών” Στον τάφο του βρέθηκαν επίσης δύο μωρά (κορίτσια), το ένα πέθανε στη γέννα ενώ το άλλο κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης.
Οι επιστήμονες του ιταλικού ινστιτούτου «Institute for Mummies and the Iceman» στο Μπολτσάνο της Ιταλίας δηλώνουν ότι ο πρόωρος θάνατος του νεαρού Αιγυπτίου αυτοκράτορος στα μέσα της εφηβείας του, προέρχεται πιθανότατα από κληρονομική ασθένεια. Ο Hutan Ashrafian, λέκτορας χειρουργικής στο Imperial College του Λονδίνου, τόνισε ως σημαντικό ότι πολλά μέλη της οικογενείας του Τουταγχαμών υπέφεραν από ασθένειες που οφείλονται σε ορμονικές ανισορροπίες και υποστήριξε ότι, ενώ οι πρόγονοι του Τουταγχαμών φαίνεται πως έζησαν μέχρι την ώριμη ηλικία, οι άμεσοι απόγονοί του, πέθαναν νωρίς.
- Ο Τουταγχαμών είχε γυναικείους γοφούς, πεταχτά δόντια και θα πρέπει να περιπατούσε στηριζόμενος σε βακτηρία ενώ σύμφωνα με την «εικονική αυτοψία» που τού έγινε, στα δάκτυλα των ποδιών του φάνηκε απόκλιση και έτσι κούτσαινε.
- Ένα ακόμη στοιχείο του ότι ο Τουταγχαμών είχε προβλήματα κινητικότητας είναι άλλωστε και οι 130 βακτηρίες που ευρέθηκαν θαμμένες στον τάφο του.