Το νησί έχει δύο μεγάλους οικισμούς. Πρωτεύουσα είναι η Χώρα (ή πόλη Φολέγανδρος), με 316 κατοίκους, χτισμένη στην ανατολική πλευρά, σε ύψωμα 200 μ. Ο άλλος οικισμός, η Άνω Μεριά, βρίσκεται βορειότερα με πληθυσμό 291 κατοίκων, και αποτελεί το πιο παραδοσιακό κομμάτι του νησιού. Είναι ο αγροτικός οικισμός με τα σπίτια να βρίσκονται σε απόσταση μεταξύ τους και να δημιουργούν τις λεγόμενες «Θεμονιές». Μικρότεροι οικισμοί είναι ο Πετούσης και το λιμάνι του νησιού που είναι ο Καραβοστάσης, στο νοτιοανατολικό άκρο του, που απέχει από Πειραιά 102 μίλια και από Νάξο 32 μίλια.
Γενικά πρόκειται για ορεινό νησί, πετρώδες με απότομες ακτές. Οι αρχαίοι Έλληνες την αποκαλούσαν «σιδηράν». Κυριότερες κορυφές είναι στο νοτιοανατολικό τμήμα ο Άγιος Ελευθέριος (415 μ.), της Παναγίας (365 μ.), ο Τρούλος (312 μ.), ο Ορθόνικας (305 μ.) και στο βορειοδυτικό το Μεροβίγλι (310 μ.) και ο Προφήτης Ηλίας (285 μ.). Η σημαντικότερη κοιλάδα, το «Λιβάδι», βρίσκεται στο νότιο τμήμα. Μεγάλα ποτάμια δεν υπάρχουν, αλλά μόνο χείμαρροι. Πηγές υπάρχουν ελάχιστες και οι ανάγκες ύδρευσης καλύπτονται από στέρνες αποθήκευσης υδάτων.
Το ανάπτυγμα των ακτών της Φολεγάνδρου φθάνει περίπου τα 32 χλμ. που παρουσιάζουν πλούσια εναλλαγή ακρωτηρίων όρμων και παραλιών. Σημαντικότεροι όρμοι είναι αυτοί περί τον ισθμό του Καραβοστάση στην νότιο-ανατολική ακτή και της Αγκάλης ή Βαθύ στη νοτιοδυτική ακτή. Κυριότερα ακρωτήρια είναι το ακρωτήριο Κυπαρίσσι και το ακρωτήριο Κάστελλος στο βόρειο τμήμα και Ασπροπούντα νοτιοδυτικά του βορείου τμήματος.
Η ακτογραφία της Φολεγάνδρου παρουσιάζει αρκετό αριθμό κολπώσεων και ακρωτηρίων. Κυριότερα ακρωτήρια, όρμοι και νησίδες του νησιού που απαντώνται κατά σειρά από βορειοδυτικά προς νοτιοανατολικά και βορειοδυτικά (δεξιόστροφα) είναι:
Στη συνέχεια προς δυτικά-βορειοδυτικά απαντώνται:
Στη συνέχεια προς βορειοανατολικά απαντώνται:
Φολέγανδρος: Η 45χρονη Νεοζηλανδή έφτασε στο νησί σήμερα το μεσημέρι της Παρασκευής (31/10) με τον σύζυγο της. Τι είπε στον άντρα της στο τελευταίο τηλεφώνημα πριν χαθούν τα ίχνη της.
