Το ΙΚΑ ιδρύθηκε το 1934.Πριν από τη θεσμοθέτηση του ΙΚΑ είχε αρχίσει η δημιουργία ασφαλιστικών ταμείων διαφόρων επαγγελμάτων, όπως το Ταμείο των Ηθοποιών (1917), το Ταμείο Εργαζομένων της ΔΕΗ (1917), το Ταμείο Σύνταξης της Λαϊκής Τράπεζας (1921), το Ταμείο Σύνταξης της Εταιρίας Φωταερίου (1922) κ.ά. Μέχρι το 1932 λειτουργούσαν ήδη δεκάδες ασφαλιστικά ταμεία.
Η δημιουργία του ΙΚΑ υπήρξε κυρίως αίτημα των εργαζομένων. Θεσπίστηκε με το νόμο 5733/1932 (άρθρο 12) επί κυβέρνησης Ελ. Βενιζέλου ωστόσο ο νόμος δεν εφαρμόστηκε γιατί άλλαξε η κυβέρνηση ένα μήνα αργότερα. Στην ίδρυση του ΙΚΑ υπήρξαν αντιδράσεις από όλα τα σωματεία του ιδιωτικού τομέα, από τους ιατρικούς συλλόγους, την Ελληνική Ένωση Τραπεζών κλπ. Η νέα κυβέρνηση Παναγή Τσαλδάρη ανέστειλε την εφαρμογή του νόμου με την πρόθεση να τον επανεξετάσει. Ο νέος νόμος για την κοινωνική ασφάλιση ήταν ο 6298/1934.
Μετά από αυτόν συγκροτήθηκε το πρώτο διοικητικό συμβούλιο του ΙΚΑ και διοικητής ανέλαβε ο Παναγιώτης Κανελλόπουλος, την περίοδο 1934 – 1935. Η πρώτη συνεδρίαση πραγματοποιήθηκε στις 22 Δεκεμβρίου 1934. Η κυβέρνηση Τσαλδάρη ανατράπηκε στις 10 Οκτωβρίου 1935 από το πραξικόπημα του Γεώργιου Κονδύλη. Αναφέρεται πως στα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του το ίδρυμα δεν χρηματοδοτούνταν και η ασφάλιση γινόταν με πολύ αργούς ρυθμούς.
Η λειτουργία του ΙΚΑ άρχισε ουσιαστικά την 1 Δεκεμβρίου 1937 μετά από διάταγμα του Ιωάννη Μεταξά, για τον οποίο υπάρχει ως σήμερα η εντύπωση ότι δημιούργησε τις κοινωνικές ασφαλίσεις και το ΙΚΑ κάτι που έχει χαρακτηριστεί «μύθος». Η έναρξη λειτουργίας του ΙΚΑ κατά την περίοδο της δικτατορίας οφείλεται περισσότερο σε συγκυρία, παρόλα αυτά, οι θιασώτες του Μεταξά στηρίχθηκαν σε αυτό το γεγονός για να προπαγανδίζουν για τον κοινωνικό χαρακτήρα της δικτατορίας του. Ο ίδιος ο Μεταξάς όμως ποτέ δεν διεκδίκησε την πατρότητα του ΙΚΑ. Σύμφωνα με μια άποψη, ο Μεταξάς οργάνωσε το ΙΚΑ ώστε το κράτος να εισπράττει το υστέρημα του εργάτη και με αυτό χρηματοδοτούσε την εσωτερική ασφάλεια, εξοπλιστικά προγράμματα (όπως αεροσκάφη) και τον προπαγανδιστικό του μηχανισμό.
Στον τομέα των κοινωνικών ασφαλίσεων, το καθεστώς της 4ης Αυγούστου παρακολουθούσε τις αντίστοιχες πολιτικές της φασιστικής Ιταλίας και της ναζιστικής Γερμανίας. Η κοινωνική πολιτική, τόσο ως ρητορεία όσο και ως νομοθετικό έργο, αποτελούσε σταθερό άξονα του καθεστώτος. Στους σχετικούς τομείς, σχεδόν όλοι όσοι είχαν διαχειριστεί και προηγουμένως τα σχετικά ζητήματα έμειναν στη θέση τους, εκτός από λίγες εξαιρέσεις. Επικεφαλής του υπουργείου Εργασίας διορίστηκε ο Αριστείδης Δημητράτος, πρώην ηγετικό στέλεχος του ΚΚΕ που από τα μέσα της δεκαετίας του 1920 είχε περάσει στο αντικομμουνιστικό στρατόπεδο.
Μέχρι το τέλος του 1937 είχαν δημιουργηθεί τα δύο πρώτα υποκαταστήματα στην Αθήνα και τον Πειραιά. Την 1/1/1938 ξεκίνησε να λειτουργεί το υποκατάστημα στη Θεσσαλονίκη, και μέχρι τον Οκτώβριο του 1940 λειτουργούσαν υποκαταστήματα σε άλλες 12 πόλεις, με συνολικά περίπου 350 χιλιάδες ασφαλισμένους. Οι πρώτοι 150 υπάλληλοι προσελήφθησαν τον Οκτώβριο του 1937 και μέχρι το τέλος του 1940 είχαν φθάσει περίπου τις δύο χιλιάδες, διοικητικούς, υγειονομικούς και λοιπούς. Μέχρι το 1951 το ΙΚΑ κάλυπτε τις παροχές ασθενείας και τις συντάξεις λόγω γήρατος, αναπηρίας και θανάτου.
Και μετά την έναρξη λειτουργίας του, το ΙΚΑ δεν μπόρεσε να απορροφήσει τα λεγόμενα “ευγενή” ταμεία που συνέχισαν να λειτουργούν. Συνέχισαν μάλιστα να δημιουργούνται νέα ταμεία. Μέχρι το 1940 υπήρχαν περίπου 150 ταμεία, συνέχισαν να αυξάνονται μέσα στην κατοχή αλλά και μετά τον πόλεμο.Ταυτόχρονα, Λόγω του πολέμου και της κατοχής το ΙΚΑ χρεοκόπησε, ενώ μετά τον πόλεμο είχε ένα δυσβάστακτο φορτίο περίθαλψης και ασφάλισης των θυμάτων. Το 1948 έγινε μια ανεπιτυχής προσπάθεια αναμόρφωσης του συστήματος ασφάλισης με βοήθεια από Αμερικανούς ειδικούς με επικεφαλής τον Oscar Powel, ο οποίος παραιτήθηκε τον Ιούλιο του 1951. Στο μεταξύ είχαν ιδρυθεί και πολλά άλλα ασφαλιστικά ταμεία.
Η χορήγηση παροχών ρυθμίστηκε και πάλι το 1951 με τον αναγκαστικό νόμο 1846/1951,ο οποίος με τις διαδοχικές του τροποποιήσεις αντιπροσωπεύει το σημερινό θεσμικό πλαίσιο του φορέα. Το Ίδρυμα Κοινωνικών Ασφαλίσεων (ΙΚΑ) μετονομάστηκε σε Ίδρυμα Κοινωνικών Ασφαλίσεων – Ενιαίο Ταμείο Ασφάλισης Μισθωτών (ΙΚΑ-ΕΤΑΜ) το 2002 με βάση το άρθρο 5 του νόμου 3029/2002. Το 2011, στα πλαίσια της αναδιοργάνωσης της δημόσιας υγείας, τα νοσοκομεία του ΙΚΑ εντάχθηκαν στο ΕΣΥ,ενώ οι μονάδες πρωτοβάθμιας περίθαλψης του εντάχθηκαν στον ΕΟΠΠΥ.
Από 1.1.2017 το Ίδρυμα Κοινωνικών Ασφαλίσεων (ΙΚΑ – ΕΤΑΜ) εντάσσεται πλέον στον Ενιαίο Φορέα Κοινωνικής Ασφάλισης (Ε.Φ.Κ.Α )με όλους τους κλάδους, τομείς και λογαριασμούς του (αρ.53 Ν.4387/16).Ο Ενιαίος Φορέας Κοινωνικής Ασφάλισης (Ε.Φ.Κ.Α.) συστάθηκε ως Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου (Ν.Π.Δ.Δ.) με το ν. 4387/16 (όπως τροποποιήθηκε και ισχύει σήμερα – ν. 4445/2016) και εποπτεύεται από το Υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων. Πρώτος Διοικητής του Ε.Φ.Κ.Α. ανέλαβε ο κ. Α. Μπακαλέξης (ΦΕΚ 729/τεύχος Υ.Ο.Δ.Δ./30-12-2016) την 01-01- 2017 με υποδιοικητή τον Λάμπρο Σέμπο. Αποτελεί σήμερα τον μοναδικό Φορέα κύριας ασφάλισης και από 01-01-2017, οπότε και άρχισε η λειτουργία του, εντάχθηκαν σε αυτόν αυτοδίκαια οι κάτωθι φορείς κύριας κοινωνικής ασφάλισης των οποίων ο Ε.Φ.Κ.Α. κατέστη καθολικός διάδοχος:
- Ίδρυμα Κοινωνικών Ασφαλίσεων – Ενιαίο Ταμείο Ασφάλισης Μισθωτών (ΙΚΑ – ΕΤΑΜ)
- Ενιαίο Ταμείο Ασφάλισης Προσωπικού Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης (ΕΤΑΠ – ΜΜΕ)
- Ενιαίο Ταμείο Ανεξάρτητα Απασχολουμένων (ΕΤΑΑ)
- Οργανισμός Ασφάλισης Ελευθέρων Επαγγελματιών (ΟΑΕΕ)
- Οργανισμός Γεωργικών Ασφαλίσεων (ΟΓΑ), εκτός του Λογαριασμού Αγροτικής Εστίας
- Ναυτικό Απομαχικό Ταμείο (ΝΑΤ), συμπεριλαμβανομένου του Κεφαλαίου Δυτών και του Κεφαλαίου Ανεργίας – Ασθενείας Ναυτικών (ΚΑΑΝ)
- Ταμείο Ασφάλισης Υπαλλήλων Τραπεζών και Επιχειρήσεων Κοινής Ωφέλειας (ΤΑΥΤΕΚΩ)
- Ενιαίο Ταμείο Ασφάλισης Τραπεζοϋπαλλήλων (ΕΤΑΤ). Το ΝΑΤ και ο ΟΓΑ διατηρούν την αυτοτελή νομική τους οντότητα για την άσκηση των μη ασφαλιστικών τους αρμοδιοτήτων. Επίσης, μεταφέρεται και υπάγεται στον Ε.Φ.Κ.Α. το Κέντρο Είσπραξης Ασφαλιστικών Οφειλών (ΚΕΑΟ) με λογιστική και οικονομική αυτοτέλεια.