Γεννήθηκε το 1975 στο Φάλμουθ της Μασαχουσέτης, γιος της Κρίστοφερ Άν “Κρις” Μπολντ, δασκάλας δημοτικού σχολείου και του Τίμοθι Μπάϊερς Άφλεκ, περιστασιακός μηχανικός αυτοκινήτων, ξυλουργός, βιβλιοπώλης, ηλεκτρολόγος, μπάρμαν, και επιστάτης του Πανεπιστήμιου Χάρβαρντ. Έχει έναν μεγαλύτερο αδελφό, τον ηθοποιό Μπεν Άφλεκ. Ο Άφλεκ έχει Ιρλανδική, Γερμανική, Σκωτσέζικη, Αγγλική και Ελβετική καταγωγή.Είναι επίσης δέκατος εξάδελφος του παιδικού του φίλου Ματ Ντέιμον.
Φοίτησε στο πανεπιστήμιο George Washington και στη συνέχεια στο Πανεπιστήμιο Columbia στη Νέα Υόρκη, όπου σπούδασε φυσική, αστρονομία και δυτική φιλοσοφία, αλλά δεν αποφοίτησε. Εργάστηκε περιστασιακά στην τηλεόραση, όταν τελείωσε το γυμνάσιο και ενώ φοιτούσε στο πανεπιστήμιο στις αρχές της δεκαετίας του 1990.
Ήταν παντρεμένος με την ηθοποιό Σάμερ Φίνιξ, αδελφή του ηθοποιού Χοακίν Φίνιξ. Ήταν ζευγάρι από το 1999 και τον Ιανουάριο του 2004 αρραβωνιάστηκαν.Στις 3 Ιουνίου 2006 παντρεύτηκαν στην Σαβάνα της Τζόρτζια. Μαζί Απέκτησαν δύο γιους: τον Ιντιάνα Όγκουστ (γ. το 2004) και τον Άτικους (γ. το 2008). Το Μάρτιο του 2016 ανακοίνωσαν ότι χωρίζουν. Την 1η Αυγούστου 2017, η Φίνιξ υπέβαλε επίσημα αίτηση διαζυγίου, επικαλούμενη «ασυμβίβαστες διαφορές», το διαζύγιο βγήκε και επίσημα μέσα στο 2017.
- Το 2017 κέρδισε το Όσκαρ α’ ανδρικού ρόλου για την ταινία Μια πόλη δίπλα στη θάλασσα, ενώ ήταν υποψήφιος και για τη Χρυσή Σφαίρα και για το BAFTA α’ ανδρικού ρόλου.
- Έχει επίσης προταθεί και για το Όσκαρ, Χρυσή Σφαίρα και BAFTA β’ ανδρικού ρόλου για την ταινία Η δολοφονία του Τζέσε Τζέιμς από τον δειλό Ρόμπερτ Φορντ.