Γεννήθηκε το 1960 στην Αθήνα. Πατέρας του ήταν ο Μεσολογγίτης δικηγόρος και πολιτευτής Αριστοτέλης Φίλης (ο οποίος είχε αντιμετωπίσει διώξεις κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου).Υπήρξε φοιτητής στη νομική σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών. Παράλληλα παρακολούθησε μαθήματα βιολιού.Αργότερα ασχολήθηκε με τη δημοσιογραφία συνεργαζόμενος με πληθώρα ραδιοφωνικών σταθμών (Flash, Βήμα FM, ΕΡΑ 4, Πόλις), εφημερίδων (Επικαιρότητα και Εποχή) και περιοδικών (Αντί και Ο Πολίτης). Παράλληλα ήταν συνεργάτης της εγκυκλοπαίδειας του Ελληνικού Τύπου. Από το 2008 μέχρι το 2015 κατείχε τη θέση του διευθυντή της εφημερίδας Αυγή. Διετέλεσε επίσης μέλος του διοικητικού συμβουλίου της Ενώσεως Συντακτών Ημερησίων Εφημερίδων Αθηνών καθώς και του διοικητικού συμβουλίου του μορφωτικού ιδρύματος του σωματείου Είναι παντρεμένος και έχει μια κόρη.
Κατά τη διάρκεια της εφηβείας του οργανώθηκε στον χώρο της Αριστεράς, ενώ ανέπτυξε πολιτική δράση και κατά τα φοιτητικά του χρόνια όντας δραστήριο μέλος του φοιτητικού κινήματος. Παράλληλα, διετέλεσε γραμματέας της ΕΚΟΝ Ρήγας Φεραίος (νεολαία του ΚΚΕ Εσωτερικού). Μετά τη διάσπαση του κόμματος συμμετείχε στο ΚΚΕ Εσωτερικού – Ανανεωτική Αριστερά και το 1989 προσχώρησε στον Συνασπισμό,
Στις εκλογές του Ιανουαρίου του 2015 κατάφερε να εκλεγεί βουλευτής με τον ΣΥΡΙΖΑ στην εκλογική περιφέρεια της Α΄ Αθήνας συγκεντρώνοντας 16.344 ψήφους. Εξελέγη εκ νέου κατά τις εκλογές του Σεπτεμβρίου του 2015, οι οποίες διεξήχθησαν με λίστα και τοποθετήθηκε στη θέση του υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων και διατήρησε αυτό το αξίωμα μέχρι τις 5 Νοεμβρίου του 2016. Επανεξελέγη βουλευτής Α΄ Αθηνών στις εκλογές του 2019.
Άρνηση Γενοκτονίας των Ποντίων
Στις 2 Νοεμβρίου 2015 μιλώντας στην εκπομπή Στον Ενικό του STAR με τον Νίκο Χατζηνικολάου υποστήριξε ότι «δεν υπήρξε γενοκτονία των Ποντίων, σύμφωνα με την αυστηρά επιστημονική έννοια του όρου, αλλά αιματηρή εθνοκάθαρση». Αυτή η άποψη του προκάλεσε την οργισμένη αντίδραση των ποντιακών οργανώσεων, των κομμάτων της αντιπολίτευσης και του ετέρου κυβερνητικού κόμματος των Ανεξάρτητων Ελλήνων, οι οποίοι ζήτησαν την αποπομπή του Νίκου Φίλη από την κυβέρνηση. Αντιδράσεις υπήρξαν και από τους βουλευτές του ΣΥΡΙΖΑ Αλέξανδρο Τριανταφυλλίδη και Γιάννη Μιχελογιαννάκη. Παράλληλα, πλήθος πολιτικών, Ποντίων καλλιτεχνών και πολιτών χαρακτήρισαν τον υπουργό ανιστόρητο. Αντιθέτως, οι δηλώσεις του αντιμετωπίστηκαν θετικά από τα τουρκικά ΜΜΕ.
Υπουργικό έργο
- Κατά την διάρκεια της θητείας του Νίκου Φίλη μειώθηκαν οι ώρες του δημοτικού από 7 καθημερινώς σε 6, ενώ στο γυμνάσιο οι 35 διδακτικές ώρες την εβδομάδα έγιναν 32, ορίστηκε η γραπτή εξέταση των μαθητών του γυμνασίου σε πέντε μαθήματα (Νεοελληνική Γλώσσα και Γραμματεία, Νεοελληνική Λογοτεχνία, Μαθηματικά, Ιστορία, Φυσική) σε αντίθεση με το παρελθόν όπου οι μαθητές εξετάζονταν στο τέλος της χρονιάς σε πάνω από δεκατρία μαθήματα, μειώθηκαν οι ώρες διδασκαλίας των Αρχαίων Ελληνικών στο Γυμνάσιο από 3 εβδομαδιαίως σε 2, επιμηκύνθηκε το διδακτικό έτος έως τις 31 Μαΐου και σε ό,τι αφορά τα γυμνάσια χωρίστηκε σε 2 τετράμηνα αντί για 3 τρίμηνα, ενώ αναδιαρθρώθηκε το πρόγραμμα σπουδών στα Θρησκευτικά σε όλες τις τάξεις(έκδοση νέων εγχειριδίων προς αντικατάσταση των προηγουμένων).
- Τον Μάρτιο του 2018, το Συμβούλιο της Επικρατείας έκρινε ως αντισυνταγματικές τις αλλαγές που πραγματοποιήθηκαν στη διδασκαλία των Θρησκευτικών επί υπουργίας Φίλη.