Αν και η Ελλάδα είναι από τις πρώτες χώρες στη χρήση αεροσκαφών σε πολεμικές επιχειρήσεις, δημιουργώντας επί τούτου αεροπορικές υπηρεσίες, ακόμα και εργοστάσιο κατασκευής αεροσκαφών, στον τομέα ανάπτυξης της πολιτικής αεροπορίας παρατηρήθηκε σημαντική καθυστέρηση. Με τη λήξη του Α΄ Παγκοσμίου Πολέμου η Αγγλία, η Γαλλία, η Ιταλία ακόμα και η «υπό περιορισμό» Γερμανία ξεκίνησαν έναν αγώνα δρόμου ανάπτυξης αεροπορικών δικτύων μεταφορών. Το 1921, η Ελλάδα επικύρωσε την πρώτη διεθνή αεροπορική σύμβαση του Παρισιού (1919), με τον Ν.2569/1921 η οποία θεωρητικά είναι και η πρώτη διοικητική πράξη στον τομέα της πολιτικής αεροπορίας ενώ πέντε χρόνια μετά το 1926 οργανώνεται η πρώτη υποτυπώδης διοικητική υπηρεσία πολιτικής υπηρεσίας.
Το 1929 κατ΄ επιταγή της διεθνούς αεροπορικής σύμβασης της Βαρσοβίας περί διεθνών μεταφορών συστήνεται αφενός το ελληνικό Υπουργείο Αεροπορίας, και αφετέρου στο τότε Υπουργείο Ναυτικών, η «Υπηρεσία Συγκοινωνιών Ναυτικών Αερολιμένων» που διατηρήθηκε για δύο χρόνια όταν το 1931 σε εναρμόνιση με σχετικές ευρωπαϊκές νομοθεσίες εκδόθηκαν οι νόμοι 5017/1931 και 5100/1931 «Περί οργανώσεως Υπηρεσίας Πολιτικής Αεροπορίας» με βάση των οποίων συγκροτήθηκε από μία κεντρική διεύθυνση και δύο τμήματα, ένα για τα κρατικά αεροδρόμια και ένα για τις αεροπορικές μεταφορές. Με τον Α.Ν. 596/1937 η Ελλάδα κύρωσε την αεροπορική σύμβαση Βαρσοβίας, πολλαπλασιάζοντας το προσωπικό της ΥΠΑ.
Μετά τον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο ακολούθησε πλήρης αναμόρφωση και αναδιοργάνωση της εν λόγω υπηρεσίας και μετονομάστηκε (το 1948) σε Κρατική Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας (ΚΥΠΑ) η οποία και υπάχθηκε ως επιμέρους Διεύθυνση στο Υπουργείο Αεροπορίας, υπό τη διοίκηση του Αρχηγού της (τότε) Ελληνικής Βασιλικής Αεροπορίας. Το 1952 μετά την κατάργηση του Υπουργείου Αεροπορίας που ένα χρόνο πριν είχε υποβιβαστεί σε υφυπουργείο, με την ίδρυση του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας, η ΚΥΠΑ υπάχθηκε στο νέο Υπουργείο Συγκοινωνιών όπως μετονομάστηκε το παλαιότερο Υπουργείο Μεταφορών, αποτελώντας ιδιαίτερη Διεύθυνση με την ονομασία Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας.
- Το 1960 εκδόθηκε το Β.Δ. 865/1960 «Περί Οργανισμού της ΥΠΑ» που αποτέλεσε και το πρώτο διάταγμα οργάνωσης και σύνθεσης αυτής σε κεντρική Διεύθυνση και Περιφερειακές υπηρεσίες.
- Το 1970 επί χούντας με το Ν.Δ. 714/1970 ακολούθησε νέα αναδιάταξη με χωρισμό αρμοδιοτήτων της προηγούμενης Διεύθυνσης σε Διεύθυνση Εναερίων Μεταφορών (ΔΕΜ), που υπάχθηκε στο τότε «Υπουργείο Ναυτιλίας Μεταφορών και Επικοινωνιών» ως καθαρά αυτοτελή υπηρεσία ΥΠΑ.
- Το 1983 υπάχθηκε στο “Υπουργείο Μεταφορών και Επικοινωνιών” διατηρώντας δικό της Διοικητή όπου και παραμένει ως έχει μέχρι σήμερα, ακολουθώντας κάθε φορά τις μετονομασίες του φορέα της.