Ο ΟΦΗ ιδρύθηκε το φθινόπωρο του 1925 στο Γυμναστήριο της οδού Ιδομενέως όπου συνυπήρχαν αθλητές στίβου, αρσιβαρίστες, παλαιστές καθώς και ποδοσφαιριστές. Στο σπίτι του μετέπειτα γιατρού Μηνά Ζαμπόζη υπογράφτηκε το καταστατικό ίδρυσης του O.Φ.Η. (Όμιλος Φιλάθλων Ηρακλείου), που είχε σαν φυτώριο τους προσκόπους του Ηρακλείου και τους τελειόφοιτους του Γυμνασίου Αρρένων της πόλης.
Πολλά από τα ιδρυτικά μέλη αλλά και στελέχη του ΟΦΗ συνήθιζαν να είναι και αθλητές της ομάδας, έτσι συντέλεσαν στο να δημιουργηθούν τμήματα ποδοσφαίρου, αθλοπαιδιών (στα 1928 είχε γυναικεία ομάδα βόλεϊ), στίβου, κολύμβησης και ποδηλατικό τμήμα.
Ο ΟΦΗ συνάντησε μεγάλη στήριξη από τους φιλάθλους κυρίως για της επιτυχίες του στο ποδόσφαιρο αλλά και στα άλλα αθλήματα και κυρίως στον κλασσικό αθλητισμό όπου στους Παγκρήτιους αγώνες είχε κυρίαρχη παρουσία. Η πορεία αυτή του ΟΦΗ βρήκε ανταπόκριση όχι μόνο στο Ηράκλειο αλλά και σε όλο το νησί της Κρήτης.
Κατά τη 15ετία 1925-1940 όταν και ο ΟΦΗ έκανε τα πρώτα του βήματα δεν υπάρχουν επαρκή στοιχεία διότι και το ελληνικό ποδόσφαιρο βρισκόταν πρωταρχικό στάδιο, παρ’ όλα αυτά λέγεται από τους ανθρώπους της ομάδας ότι η ομάδα πρέπει να έδωσε σ’ αυτή την προπολεμική 15ετία πάνω από 400 αγώνες και πως οι νικηφόροι ήταν πολλαπλάσιοι αυτών που έληξαν με ισοπαλία ή ήττα.
O OΦΗ ήταν από πολλά χρόνια ο τιμημένος εκπρόσωπος της Κρήτης στο ελληνικό ποδόσφαιρο. Με εξαίρεση όμως κάποιες σποραδικές αναλαμπές, δεν κατάφερε να γνωρίσει κάποια πολύ μεγάλη διάκριση. Όμως τη διετία 1986-1988 ο ΟΦΗ αναδείχθηκε Κυπελλούχος Ελλάδος, δευτεράθλητής Ελλάδας και πανάξιος πρεσβευτής της Ελλάδας στην Ευρώπη. Το 1990 ξαναβρέθηκε στον τελικό του κυπέλλου για δεύτερη φορά στην ιστορία του αλλά δεν κατάφερε να κατακτήσει το τρόπαιο.
Από τις αρχές του 2000 όμως ο ΟΦΗ άρχισε να παρακμάζει και να έχει φθίνουσα πορεία σε σχέση με το παρελθόν, μετά κυρίως της αποχώρησης του προπονητή-σύμβολο του ΟΦΗ, Ευγένιο Γκέραρντ. Το 2006, ο ΟΦΗ κατάφερε να υπαγεί στο άρθρο 44 περί χρεωκοπίας και τα χρέη του να διαγραφούν, αλλά στη συνέχεια να χρέη ξαναμαζεύτηκαν και μέχρι το 2015 είχε χρέη ύψους 12,2 εκατομμυρίων. Μία σειρά κακών αγωνιστικών περιόδων τελικά κατέληξε στον υποβιβασμό του ΟΦΗ την περίοδο 2008-2009. Η ομάδα προβιβάστηκε ξανά στη Super League τη σεζόν 2010-2011. Τις 21 Μαρτίου 2015, ο Ο.Φ.Η. αποχώρησε από το πρωτάθλημα.
Τα οικονομικά προβλήματα του συλλόγου τον οδήγησαν στον υποβιβασμό στην ερασιτεχνική Γ΄ Εθνική (2015-16), όπου κατάφερε να τερματίσει πρώτος στον 4ο όμιλο και να προβιβαστεί στη Φούτμπολ Λιγκ (2016-17). Τη σεζόν 2017-18 τερμάτισε στην 1η θέση και κέρδισε την άνοδο στη Super League για τη σεζόν 2018-19.
Ο ΟΦΗ έχει παρουσία στο μπάσκετ, το Βόλεϊ και το Πόλο. Ωστόσο δεν έχει καταφέρει σε κανέναν από αυτά τα αθλήματα να ξεχωρίσει στην μεγάλη κατηγορία όπως έχει γίνει στο ποδόσφαιρο.
Σήμερα το συνδεσμιακό κίνημα του ΟΦΗ εκπροσωπείται από 6 στεγασμένους συνδέσμους:
Ακόμα πολλοί πυρήνες οπαδών υπάρχουν σε πολλά μέρη της Ελλάδας και του εξωτερικού όπως στην Θεσσαλονίκη,Κατερίνη,Ρόδο,Πάτρα,Αγγλία. Τέλος υπάρχουν πολλοί ξένοι οπαδοί του ΟΦΗ οι οποίοι έχουν φροντίσει να διαδώσουν το όνομα της ομάδας σε όλη την υφήλιο.
Παναθηναϊκός: Άσχημο είναι το κλίμα στο Κορωπί, με τον Μπουζούκη να αντιδρά στον αποκλεισμό του από την αποστολή και τον Μακέντα να αγανακτεί για τον χρόνο του στα ματς. Στοίχημα για τον Μπόλονι να «δέσει» η ομάδα και να έρθουν αποτελέσματα.
Μαξιμιλιάνο Λοβέρα Ολυμπιακός: Ο Πέδρο Μαρτίνς στηρίζει με πράξεις τον νεαρό εξτρέμ της ομάδας.
Ουσεϊνού Μπα: Ενδιαφέρον από την Μίλαν για τον παίκτη του Ολυμπιακού που εντυπωσιάζει με τις καλές του επιδόσεις.
Ουές ΟΦΗ: Φαίνεται πως είναι στο μεταγραφικό στόχαστρο των «ερυθρόλευκων».
Λοβέρα Ολυμπιακός: Την ύστατη προσπάθεια για να τον αποκτήσει κάνει η βραζιλιάνικη ομάδα.
ΟΦΗ - Ολυμπιακός: Η κρητική ομάδα μπορεί να μην τα έχει πάει καλά στη συγκομιδή βαθμών, αλλά ο Πορτογάλος τεχνικός ξέρει ότι είναι ένας ποιοτικός αντίπαλος.
ΟΦΗ Ολυμπιακός: Μοναδικός απών ο Ουσεϊνού Μπα.
ΟΦΗ - Ολυμπιακός: Ο Πέδρο Μαρτίνς σχεδιάζει να δώσει χρόνο συμμετοχής στου Πέπε και Μπρούμα προκειμένου να μπαίνουν στο κλίμα για τη συνέχεια.
Μάντσεστερ Σίτι - Ολυμπιακός: Οι παίκτες του Πέδρο Μαρτίνς ήταν σκασμένοι μετά το ματς στην Αγγλία καθώς πίστευαν ότι μπορούν να πάρουν κάτι καλύτερο.
